Salto se encuentra en la cuenca del río Uruguay. Sus afluentes de norte a sur son los ríos: Cuareim, Arapey, Daymán, Río Negro, Queguay y San Salvador. Nace en Brasil y desemboca en el Río de la Plata. Por territorio uruguayo recorre 500 km que sirven de límite con la República Argentina. Su navegabilidad está disminuida por la irregularidad de su lecho, pero existe infraestructura portuaria en Salto, Paysandú, Fray Bentos y Nueva Palmira. Tiene tres puentes internacionales: Salto Grande (Salto-Concordia), Gral. José Artigas (Paysandú-Colón) y Libertador Gral. San Martín (Fray Bentos-Puerto Unzué).